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醫療廢水中的病原微生物主要有：病原性細菌，腸道病毒、蠕蟲卵和原蟲四類。具體包括沙門氏菌屬痢疾桿菌、霍亂弧菌、致病性大腸桿菌、傳染性肝炎病毒、脊髓灰質炎病毒、柯薩基病毒、蛔蟲卵、鉤蟲卵、血吸蟲卵、阿米巴原蟲。
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